Sint Laurens is ontstaan ten oosten van het kasteel Popkensburg. Het kasteel wordt voor het eerst genoemd in 1294, maar is waarschijnlijk al omstreeks 1250 gebouwd. In 1323 heeft de nederzetting een kapel die gewijd is aan de heilige Laurentius. Hij stierf in 330 in Rome op de brandstapel. Het wapen met de vlammen van het dorp Sint Laurens herinnert aan de marteldood van deze heilige.
Het kasteel werd tot 1823 bewoond door de Heren van Popkensburg. Eén van hen was Frank van Borsselen. Later bewoonden de families Boudaen en Van Citters het kasteel. Het is in 1866 afgebroken. Het Hof Popkensburg, een voormalige boerderij, ligt waarschijnlijk op de plaats van het voorplein van het kasteel.
Sint Laurens werd in 1816 met de heerlijkheid Brigdamme verenigd tot één gemeente. In 1966 is zij een deel van de gemeente Middelburg geworden.